（一）组织管理
实验室主任负责制。重点实验室实行依托单位领导下的主任负责制，实验室主任负责实验室的科学研究、学术交流、财务开支和日常管理等工作；同时，实验室主任负责指导、协调和监督野外科学试验站的业务活动。
实验室主任的聘任。重点实验室主任每届任期五年，由依托单位组织在固定人员中公开招聘推荐，报农业部批准后，由主管单位聘任。
学术委员会咨询制。设立重点实验室学术委员会，作为编制实验室发展规划，开展学术评审和考核评价的决策咨询机构，同时负责指导监督实验室主任按照实验室研究方向和发展规划开展工作，评价学术水平和科研成果等。
重点实验室学术委员会下设秘书处，挂靠重点实验室依托单位科研处，负责加强与综合性重点实验室的联系，负责制定本实验室的年度工作计划、编报年度工作总结、编报成果汇编，负责组织重点实验室和野外科学试验站之间的学术交流与沟通协作等日常性工作。
重点实验室按研究方向和研究内容设置研究单元，实行固定编制与流动编制相结合的人员管理制度，保持人员的适度规模和合理流动。固定人员包括研究人员、技术人员和管理人员，流动人员包括访问学者、博士后研究人员。
（二）运行机制
坚持“开放、流动、联合、竞争”的运行机制，在综合性重点实验室、区域性重点实验室与野外科学试验站之间建立有效的利益链接，使各单位紧密合作、资源共享，保证“学科群”的有效运转，最大程度地发挥效能。
分工协作机制。以综合性重点实验室为龙头，以专业性（区域性）重点实验室为骨干，野外科学试验站为补充，建立各级重点实验室各司其职、分工协作的工作机制，形成布局合理、学科健全、上下联通、有机配合的一体化海洋渔业科研体系。
专业性重点实验室主要立足于所在海区，结合优势专业方向，组织开展区域共性和专业领域的关键技术研究，重点突破一批区域性、专业性的难题，为区域海洋渔业发展提供和储备关键技术，形成“学科群”的专业领域技术支撑。
野外科学试验站主要观测海洋渔业相关活动影响因子及其特点和规律，对应用基础研究成果进行阶段性试验，为解释相关海洋渔业科学问题提供必要的数据支撑，对经试验示范的新品种、新技术进行推广应用，是“学科群”的产业一线“信息员”，推广示范“学科群”研究成果，并及时反馈海洋渔业一线生产需求。
科技资源共享机制。 “学科群”建立科研信息、基础研究数据、实验材料资源和大型仪器设备等科技资源的共享，充分发挥各自潜力，实现科技资源的使用效率和效益的最大化，强化海洋渔业科技研究的开放和协作，形成互利互惠、多学科交叉协作的局面，推进海洋渔业科技创新能力提升。
科研与推广衔接机制。坚持以为海洋渔业产业提供中上游技术支撑为重点，同时兼顾相关技术的推广应用，发挥重点实验室优势，积极探索科研与推广有效衔接的机制。加强各层级重点实验室的交流和技术合作，推动先进管理五保户和成功建设模式的普及和推广。
交流合作机制。实验室立足区域，面向全国、面向世界，建成集科技创新、科研中试和产业示范于一体的科研体系，瞄准国际高新技术前沿，突出高起点、高水准的特色，积极鼓励开展国内外的交流与合作。建立定期的学术交流制度，积极与有关国际组织和国家建立合作机制，不断拓宽科学研究的合作领域和范围。
