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实验站科研基础设施较完善，配套了生态环境、生物技术、珊瑚及鱼类繁育增殖、水动力、渔业声学等实验室，总面积750平方米；配套仪器230台（套），配备室内试验水池470立方米，实验池塘10亩、海域200亩。实验站已建成南海渔业资源环境领域获取原始资料和基础数据、开展渔业综合科学研究、服务渔业生产的重要科技创新平台。

实验站制定了科研基础设施仪器设备共享、安全保密等制度，建立了相应的共享平台，妥善解决共享使用中的保密、重复购置和浪费等问题。充分发挥区位优势，把实验站打造成为我国立足南海面向全国的海洋渔业领域高水平的科技创新、交流合作、人才培养、成果培育以及推广应用平台。实验站作为公共研究平台在所内各部门之间共享良好，也积极和所外各单位开展共享交流，大型仪器设备由专人负责操作使用和维护，实行专管共用。实验站建立了网站，建立了科研材料、数据、信息、知识产权、仪器设备的共享平台。